Eine neue Kirchenordnung bildet ab 1552 für Jahrhunderte die Grundlage der Landeskirche. Die Klöster werden säkularisiert. Nur in Rostock, Malchow, Ribnitz und Dobbertin bleiben protestantische Frauenklöster erhalten. Der römisch-katholische Widerstand wird unterdrückt. Es gilt nun der Grundsatz „cuius regio, eius religio“ – wer regiert, bestimmt die Religion. Erster Bischofsadministrator wird Ulrich I. zu Mecklenburg. 1571 wird die evangelisch-lutherische Landeskirche mit der Superintendentenordnung nach innen neu strukturiert (Kirchenkreise: Wismar, Güstrow, Parchim, Schwerin, Rostock und Neubrandenburg).
Frauenklöster für adlige Jungfrauen
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Schlosskapelle Schwerin 1563
Konsistorien in Greifswald, Stettin und Kolberg überwachen Kirchen und Schulen in Pommern. Das Bistum Cammin wird eine eigenständige weltliche Region und durch Mitglieder des Herzogshauses verwaltet. Nach längerem Streit wird 1569 eine Ordnung zu den Klöstern Bergen auf Rügen, Kolberg, Marienfließ, Stolp und Verchen erlassen, die sich zu protestantischen Versorgungseinrichtungen adliger Jungfrauen wandeln.
Die kirchliche Organisation wird durch den Wolgaster Generalsuperintendenten Jakob Runge gelenkt. 1563 wird seine neue Kirchenordnung gedruckt. Das stärkt den Ausbau einer Landeskirche.
Der römisch-katholische Widerstand wird unterdrückt. Es gilt nun der in Greifswald formulierte Grundsatz „cuius regio eius religio“ – wer regiert bestimmt die Religion.
