W warunkach ścisłej religijności Wysoka Rada Kościelna pod przewodnictwem Theodora Kliefotha reorganizuje Kościół protestancki w kraju. Opory lub odchylenia są tłumione. W Meklemburgii-Schwerinie Fryderyk Franciszek II z pomocą Wysokiej Rady Kościelnej odbudował 83 kościoły, a 192 odrestaurował od podstaw. Wszyscy urzędnicy państwowi muszą być wyznania protestanckiego.
Oficjalne równouprawnienie Żydów ma miejsce w 1869 roku, kiedy to Meklemburgia przystępuje do Związku Północnoniemieckiego. Niemniej jednak, do 1900 roku z około 2000 Żydów, ich populacja spada o 10% w Meklemburgii-Schwerinie i o 32% w Meklemburgii-Strelitz. W tym czasie liczba katolików wzrasta do około 2-3% populacji.
