W NRD Kościół był niemile widziany. „Młoda Gmina” liczącą na północy około 25 000 członków została w 1953 roku zdyskredytowana jako „antypaństwowa”. Kościół katolicki otrzymał komisariat biskupi w Schwerinie.
Pomimo wolności wyznania i przekonań, państwo i SED chcą zastąpić komunię, bierzmowanie lub konfirmację odgórną, państwową inicjacją młodzieży. Kościół staje się centrum krytyki systemu. Mniejsze społeczności wycofują się ze sfery publicznej. Kościoły działają charytatywnie na rzecz osób niepełnosprawnych, rodziny i młodzieży.
Jesienią 1989 roku kościoły protestanckie stają się często punktem wyjścia protestów przeciwko rządzonej przez SED NRD, która w 1990 roku zostaje rozwiązana.
W 1994 roku, dzięki imigracji z byłego Związku Radzieckiego, powstają dwie gminy żydowskie w Rostocku i Schwerinie. Tworzą one państwowy związek gmin żydowskich.
W 1995 roku Kościół katolicki ustanawia Biskupstwo Północne dla Hamburga, Szlezwiku-Holsztyna i Meklemburgii.
W 2009 roku powstaje Rada Koordynacyjna Muzułmanów w Meklemburgii-Pomorzu Przednim.
W 2012 roku Meklemburgia-Pomorze Przednie, Hamburg i Szlezwik-Holsztyn połączyły się, tworząc Kościół Ewangelicko-Luterański w Północnych Niemczech, zwany "Kościołem Północnym".
