Po rewolucji z 1919 roku klasztory stały się własnością państwa. Oba Wolne Państwa oddzieliły państwo od kościoła i przyznały wolność religijną. Ewangelicko-luterański synod krajowy stał ponad wyższą radą kościelną. W 1921 roku uchwalono konstytucję kościelną i wybrano Heinricha Behma na biskupa. Powstawały także nowe zgromadzenia wolno-kościelne.
W 1933 roku nastąpiło zjednoczenie kościołów w Meklemburgii. Powstało ewangelickie stowarzyszenie pastorów NS. Kierownictwo kościelne zostaje zastąpione przez "Landeskirchenführera". Opozycja pod postacią towarzystwa "Ewangelia i Kościół" jest prawnie ścigana.
Morderstwa katolickich księży należały do codzienności. "Świadkowie Jehowy" zostają zdelegalizowani. Pogromy żydów zaczynają się od 1933 roku. Od 1942 roku są oni deportowani do obozów zagłady w Auschwitz i Theresienstadt.
Po 1945 roku wszystkie wspólnoty religijne dążyły do wewnętrznej konsolidacji. Niklot Beste został protestanckim biskupem regionalnym w 1946 roku. Wydział Teologiczny na Uniwersytecie w Rostocku zostaje utrzymany. Uchodźcy ze Wschodu zwiększają odsetek katolików. Ziemia kościelna nie jest wywłaszczana, lecz przyznawana nowym rolnikom. Żydzi, którzy przeżyli czasy wojny utworzyli nową kongregację.
